Svo sem við er að búast í gamalli stofnun hafa smám saman orðið til allmargir sjóðir við skólann sem gamlir nemendur og aðrir velunnarar skólans hafa stofnað. Úr langflestum þessara sjóða eru veitt verðlaun fyrir ágæta frammistöðu á prófi.

Verðlaunasjóðir eru:

1. Legatssjóður dr. Jóns Þorkelssonar fyrir hæstu einkunn á stúdentsprófi.
2. Verðlaunasjóður P.O. Christensens lyfsala og konu hans fyrir frábær námsafrek (veitt fyrir næsthæstu einkunn á stúdentsprófi).
3. Gullpennasjóður efnir til ritgerðasamkeppni meðal stúdentsefna og getur veitt áletraðan penna í verðlaun fyrir bestu ritgerðina.
4. Minningarsjóður Jóhannesar Sigfússonar yfirkennara fyrir hæstu samanlögðu árseinkunn og prófseinkunn í sagnfræði á stúdentsprófi.
5. Minningar- og verðlaunasjóður dr.phil. Jóns Ófeigssonar fyrir hæstar einkunnir við árspróf og stúdentspróf.
6. Verðlaunasjóður 40 ára stúdenta frá 1903 fyrir hæstu einkunn í latínu við stúdentspróf.
7. Minningarsjóður Páls Sveinssonar yfirkennara fyrir frábæra prúðmennsku og stundvísi.
8. Minningarsjóður Skúla læknis Árnasonar fyrir góða frammistöðu í latínu við stúdentspróf (oft veitt fyrir næsthæstu einkunn).
9. Minningar- og verðlaunasjóður Þorvalds Thoroddsens fyrir ágæta kunnáttu í náttúrufræði.
10. Minningarsjóður Pálma rektors Hannessonar fyrir vel unnin störf á sviði náttúrufræði, íslensku og tónlistar.
11. Minningarsjóður Boga Ólafssonar yfirkennara fyrir hæstu meðaltalseinkunn í ensku á stúdentsprófi.
12. Minningarsjóður Sigurðar Thoroddsens fyrir fyrir ágæta kunnáttu í stærðfræði í stærðfræði í máladeild við stúdentspróf.
13. Minningarsjóður Kristins Ármannssonar rektors og konu hans til styrktar efnilegum stúdent til framhaldsnáms.
14. Minningarsjóður Jóhannesar Sæmundssonar íþróttakennara fyrir ágæta frammistöðu í íþróttum og félagsstörfum.
15. Minningarsjóður dr. Björns Guðfinnssonar fyrir ágæta kunnáttu í íslenskum fræðum og málfræði í IV. bekk.
16. Íslenskusjóður fyrir bestu ritgerð við árspróf 5. bekkjar.
17. Verðlaun frá 50 ára stúdentum 1986 fyrir frábæra kunnáttu í íslensku.
18. Þá veitir skólinn og ýmis félög bókaverðlaun fyrir ágætan árangur.
19. Úr Bræðrasjóði eru veittir styrkir þeim nemendum sem eiga við bágan fjárhag að stríða, og koma þá fyrst til álita þeir sem ekki njóta annarra styrkja, svo sem dreifbýlisstyrkja. Úthlutun er í höndum nemenda, og ber að sækja um styrkina til inspectors scholae eða trúnaðarmanna hans fyrir 1. mars.
20. Úr Aldarafmælissjóði eru veittir styrkir eftir fjárhag sjóðsins efnalitlum en efnilegum stúdentsefnum eða öðrum án umsóknar.
21. Minningarsjóður Sigþórs Bessa Bjarnasonar stærðfræðings fyrir frábæra kunnáttu í tölvufræðum. Sjá nánar bessi.is