Svo sem við er að búast í gamalli stofnun hafa smám saman orðið til allmargir sjóðir við skólann sem gamlir nemendur og aðrir velunnarar skólans hafa stofnað. Úr langflestum þessara sjóða eru veitt verðlaun fyrir ágæta frammistöðu á prófi.

Verðlaunasjóðir eru:

  1. Legatssjóður dr. Jóns Þorkelssonar fyrir hæstu einkunn á stúdentsprófi.
  2. Verðlaunasjóður P.O. Christensens lyfsala og konu hans fyrir frábær námsafrek (veitt fyrir næsthæstu einkunn á stúdentsprófi).
  3. Minningarsjóður Jóhannesar Sigfússonar yfirkennara fyrir hæstu samanlögðu árseinkunn og prófseinkunn í sagnfræði á stúdentsprófi.
  4. Verðlaunasjóður 40 ára stúdenta frá 1903 fyrir hæstu einkunn í latínu við stúdentspróf.
  5. Minningarsjóður Skúla læknis Árnasonar fyrir góða frammistöðu í latínu við stúdentspróf (oft veitt fyrir næsthæstu einkunn).
  6. Minningarsjóður Pálma rektors Hannessonar fyrir vel unnin störf á sviði náttúrufræði, íslensku og tónlistar.
  7. Minningarsjóður Boga Ólafssonar yfirkennara fyrir hæstu meðaltalseinkunn í ensku á stúdentsprófi.
  8. Minningarsjóður Sigurðar Thoroddsens fyrir hæstu einkunn í stærðfræði í máladeild við stúdentspróf.
  9. Minningarsjóður Kristins Ármannssonar og konu hans til styrktar efnilegum stúdent til framhaldsnáms.
  10. Minningarsjóður Jóhannesar Sæmundssonar íþróttakennara fyrir ágæta frammistöðu í íþróttum og félagsstörfum.
  11. Þá veitir skólinn og ýmis félög bókaverðlaun fyrir ágætan árangur.
  12. Úr Bræðrasjóði eru veittir styrkir þeim nemendum sem eiga við bágan fjárhag að stríða, og koma þá fyrst til álita þeir sem ekki njóta annarra styrkja, svo sem dreifbýlisstyrkja. Sækja ber um styrk til rektors. Umsóknareyðublað til Bræðrasjóðs er hægt að finna hér.
  13. Minningarsjóður Sigþórs Bessa Bjarnasonar stærðfræðings fyrir frábæra kunnáttu í tölvufræðum. Sjá nánar á bessi.is
  14. Háskólinn í Reykjavík veitir styrk fyrir framúrskarandi árangur í raungreinum á stúdentsprófi.
  15. Menntaverðlaun Háskóla Íslands eru veitt til nemanda sem hefur staðið sig einstaklega vel á skólagöngu sinni, meðaleinkunn yfir 8,75. Auk þess hefur nemandinn náð eftirtektarverðum árangri á sviði lista eða íþrótta, átt mikilvægt framlag til skólafélaga eða skólans eða sýnt þrautseigju við erfiðar aðstæður.